本发明公开了一种基于生物信息云平台的作业调度方法，涉及云平台构建技术领域，包括以下步骤：S1：表达层传输参数字符流至服务层；S2：根据所述参数字符流中的参数变量及参数字符流头部的程序名称生成以程序命名的参数文件；S3：最后根据参数字符流中指定的路径、作业类型和所述参数文件的文件名组装成格式统一的作业提交脚本并提交作业至资源层，所述作业提交脚本中还包括与所述作业类型相应的作业提交命令；S4：所述资源层解析所述作业提交脚本，执行所述作业提交命令以调用所述作业需调用的程序。本发明实现了平台的软件快速集成，提高了平台的可扩展性及可部署性，减小了开发成本，缩短了开发周期。